El documento de la Agencia europea concluye que el equipo que participó en la investigación de la CIAF (Comisión de Investigación de Accidentes Ferroviarios) «no garantizó la independencia» de la misma; que «el énfasis del informe de la CIAF se centró en la causa directa (un error humano) y no ofreció ninguna respuesta a cuestiones esenciales sobre el origen de las causas»; que la ausencia de preguntas tiene que ver con la composición del equipo investigador (como Renfe y Adif)». El informe añade que «el equipo investigador no cumplió con las exigencias de independencia que establece la Directiva de la Agencia de Seguridad Ferroviaria» y, por tanto, «la obligación de investigar el accidente no se ha realizado de forma correcta».
La Agencia Europea entiende que, «dada la gravedad del accidente», debería hacerse una nueva investigación independiente, para lo cual, ofrece la participación de expertos propios en la misma. El Gobierno del PP siempre ha aceptado como válido el informe de la Comisión en el que se achacó el accidente a un error humano cometido por el maquinista del tren siniestrado, a pesar de las denuncias y avisos que Adif y Renfe conocían sobre la peligrosidad de la curva en la que descarriló el Alvia en 2013 y la falta de mecanismos de seguridad. Ahora, la UE cuestiona las conclusiones oficiales españolas en este demoledor informe.