La tripulación estaba formada por siete personas: cinco de Bolivia, una de Paraguay y otra de Venezuela. Dos de los bolivianos, una azafata y un técnico de vuelo, sobrevivieron junto a otros cuatro brasileños, de un total de 77 pasajeros que iban en el avión.
Jaime Cernadas, abogado del técnico de la DGAC Mauricio Durán, investigado por el accidente, reveló al diario El Deber que «sólo Miguel Alejandro Quiroga Murakami y Marco Antonio Rocha Venegas – socio y piloto de LaMia – eran los integrantes de la tripulación que la DGAC autorizó para volar». Según la información, que cita la versión de Mauricio Durán ante los fiscales que investigan el caso, Ovar Goytia, no cumplía con los requisitos exigidos por la DGAC para ser copiloto de un vuelo internacional, ya que tenía caducado su permiso para este tipo de operaciones. Además, la información añade que el mecánico de aviación Edwin Tumiri, que sobrevivió, tampoco tenía permiso de la DGAC para realizar las labores encomendadas.
Una investigación realizada por las autoridades aeronáuticas colombianas a fines de diciembre, estableció que la nave tenía combustible limitado para cubrir la ruta entre la ciudad boliviana de Santa Cruz y el aeropuerto José María Córdova de Rionegro, próximo a la ciudad colombiana de Medellín. «Hasta el momento tenemos pruebas de que ningún factor técnico influyó en el accidente, todo está relacionado con un factor humano y gerencial», se añade en la investigación. El Chapecoense, que alquiló la nave, debía disputar el partido de ida de la final de la Copa Sudamericana 2016 de fútbol contra el Atlético Nacional de Colombia.
